预防兽医学针对我国重大动物疫病、重要人兽共患病和烈性外来病，开展流行病学与病原生态学、病原感染与致病机制等研究，研制动物疫苗、诊断试剂和生物制剂等防控产品，为我国健康养殖、公共卫生和生物安全提供保障支撑。本研究的特色是根据传染病的特点和疫病防治的需要，采用病毒学、微生物学、免疫学、诊断技术、新型疫苗等方面的系统研究工作，其目的是为动物传染病的防治提供科学理论依据，先进技术手段和预防诊断制剂，不断控制动物疫病的发生和流行，最终消灭特定疫病，促进畜牧业发展，保证公共卫生与食品安全。结合国家发展需求以及本所特色，形成兽医微生物及其分子生物学，人畜共患病及兽医公共卫生学，动物寄生虫及其分子生物学3个研究方向。
（一）兽医微生物及其分子生物学（Veterinary microbiology and molecular biology）
主要研究微生物在不同环境条件下的形态结构、理化特性、遗传变异；研究病原微生物主要蛋白质及基因组的结构和功能；研究病原微生物在动物体内外感染、复制、致病和诱导免疫的分子机制。
（二）人畜共患病及兽医公共卫生学（Zoonosis and veterinary public health）
主要研究人畜共患传染病的发生和流行规律；研究人畜共患病跨种传播的分子机制及防控技术；研究动物产品中病原微生物的检测控制技术。
（三）动物寄生虫及其分子生物学（Veterinary parasitology and molecular biology）
主要研究寄生虫形态、分类、流行病学、诊断和综合防治措施；研究寄生虫基因结构和功能，研究寄生虫入侵、致病以及机体抗寄生虫感染的分子机制。
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